Nació el 8 de noviembre de 1874, en Motul, Yucatán. Fue el segundo de catorce hijos que tuvo el matrimonio formado por la señora Adela Puerto y el señor Justino Carrillo, que renunció al lucrativo cargo de jefe político durante el porfiriato cuando se dio cuenta de que su labor principal era “devolver a sus dueños los esclavos mayas que se hubieran escapado”. Realizó sus estudios en la escuela oficial de su localidad y en Mérida; desde niño aprendió el maya y defendió a los mayas, motivación que lo acompañó el resto de su vida. También formó parte de una banda musical como flautista.

Desempeñó diversas ocupaciones: leñador, transportista -en una carreta de mulas- y abastecedor de carnes. Fue encarcelado a los dieciocho años por exhortar al pueblo a derribar una cerca construida por los hacendados de Dzununcan para impedir el paso de los indígenas mayas. Ya libre, fue conductor del tren de pasajeros que conectaba Mérida con la hacienda de Cuacá.

Formó parte del Centro Electoral Independiente que apoyó la fallida candidatura a gobernador de Yucatán del poeta Delio Moreno Cantón, y como parte de la campaña electoral editó el periódico El Heraldo de Motul, bisemanario en que denunciaba los abusos de los hacendados henequeneros, lo que lo condujo otra vez a la cárcel y provocó la clausura de su periódico. Al salir de la prisión Delio Moreno Cantón, lo nombró corresponsal de la "Revista de Mérida". Contrajo matrimonio con Isabel Palma, de la que se divorciaría al enamorarse de Alma Reed.

En 1911 se unió al maderismo y volvió a apoyar la candidatura de Cantón Moreno. Pero regresó a la cárcel porque sus enemigos intentaron matarlo por medio de Néstor Arjonilla, quien lo retó y amenazó con una pistola, pero Carrillo disparó en defensa propia y fue recluido en la penitenciaría Juárez de Mérida, en donde se dedicó a traducir al maya la Constitución de 1857 a fin de que los indígenas conocieran sus derechos.

En marzo de 1913 fue puesto en libertad cuando Venustiano Carranza se levantó en armas y se fue al sur del país a unirse al zapatismo. Al año siguiente Zapata le otorgó el grado de coronel de caballería y en 1915 formó parte de la tercera Comisión Agraria del distrito de Cuautla.

Perseguido por los huertistas, durante un tiempo vivió en Estados Unidos y al regresar a Yucatán, colaboró con Salvador Alvarado en la Comisión Agraria encargada del reparto agrario. Para entonces se convirtió al socialismo y promovió la fundación de la Unión Obrera de Ferrocarriles y el Partido Socialista Obrero de Yucatán en marzo de 1917. Organizó a los indígenas productores de chicle de la zona maya de Quintana Roo, para eliminar la explotación de los intermediarios y exigir mejores precios a las compañías extranjeras. Asimismo, fue elegido diputado local y luego federal.

De noviembre a diciembre de 1918 ocupó el cargo de gobernador interino al mismo tiempo que presidió la Comisión Reguladora del Henequén. Un año más tarde, perseguido por las autoridades carrancistas, huyó a Zacatecas.

En 1920, se unió al Plan de Agua Prieta, apoyó al general Álvaro Obregón para la presidencia de la República e hizo un llamado desde la Ciudad de México, gracias al cual el Partido Socialista Obrero de Yucatán se reorganizó y cambió su nombre a Partido Socialista del Sureste. Dos años después, fue nominado por ese Partido como candidato a la gubernatura de Yucatán, ganó la elección en noviembre de 1921 para el periodo 1922-1926 y tomó posesión el 1º de febrero de 1922. Su primer discurso como gobernador fue en lengua maya; prometió cumplir y hacer cumplir la Constitución federal, la local y las resoluciones adoptadas en los Congresos Obreros de Motul e Izamal.

Durante su gestión, que duró veinte meses, Carrillo Puerto y su partido realizaron una intensa actividad en beneficio de sectores desposeídos a quienes repartió las llamadas tarjetas rojas que significaban la pertenencia al partido: declaró de interés público la industria henequenera, redujo la producción de la misma, organizó la Comisión Exportadora de Yucatán e impulsó la Liga de Medianos y Pequeños Productores de Henequén; reactivó el reparto de tierras, fundó la Comisión Local Agraria y socializó la producción de los ejidos.

En lo político, otorgó todos los derechos políticos a la mujer, para votar y ser votadas. Rosa Torres y Genoveva Pérez fueron las primeras mujeres en la historia de México que ocuparon puestos de elección popular. También estableció la revocación de los funcionarios de elección popular, cuando fuera solicitada por el mismo pueblo.

En lo social, promulgó leyes de Previsión Social, del Trabajo, del Inquilinato, del Divorcio, de Expropiación por causa de utilidad pública. Creó ligas feministas, combatió el alcoholismo y el fanatismo religioso; estableció servicios médicos y jurídicos gratuitos, celebró torneos pedagógicos; fijó un impuesto al culto católico; estableció los bautizos socialistas y las bodas comunitarias, así como la promoción del control natal; fijó el salario mínimo en la ciudad de Mérida creando cooperativas de producción y consumo; e inició programas de socialización de la riqueza pública.

Instauró la llamada educación racionalista y conforme al proyecto de crear tres universidades nacionales: la del Norte, con sede en Monterrey; la del Poniente, en Guadalajara, y la del Sureste en Mérida, estableció la Universidad Nacional del Sureste, hoy conocida como la Universidad Autónoma de Yucatán. Fundó la Escuela Vocacional de Artes y Oficios así como la Academia de la Lengua Maya; apoyó la exploración de las ruinas mayas; instituyó los lunes culturales y tradujo al maya la Constitución de 1917.

En materia administrativa constituyó la Proveeduría General para todas las oficinas dependientes del gobierno.

Usó la radio “La Voz del Gran Partido Socialista” para difundir sus ideas y la música de la trova yucateca.

En febrero de 1923, Carrillo Puerto conoció a la periodista norteamericana Alma Marie Sullivan Reed, con quien sostuvo un intenso romance que inspiró la hermosa canción yucateca “Peregrina”, con letra del poeta Luís Rosado Vega y música de Ricardo Palmerín, que hoy forma parte del patrimonio musical de Yucatán y de México. Reed había nacido en 1889 en San Francisco, desde muy joven había alcanzado notoriedad por salvar la vida de Simón Ruiz, adolecente mexicano acusado de asesinato, y logrado que las autoridades californianas prohibieran la ejecución de menores. Llegó a México para cubrir la expedición a Yucatán en honor del arqueólogo Edward Thompson, a quien Reed denunciaría como saqueador de valiosos tesoros mayas para el museo Peabody de Boston. Alma Reed y Carrillo Puerto se conocieron a la orilla de uno de los cenotes saqueados y su enamoramiento fue instantáneo.

La propia Alma, que Carrillo Puerto llamó con su nombre maya de Pixan Halal (Alma y Caña - traducción de Reed-), escribió en sus memorias (Peregrina, mi idilio socialista con Felipe Carrillo Puerto): “No sólo instituyó el tipo de gobierno más moderno, sino el sistema económico y los métodos educativos más avanzados que hasta entonces se conocían en México. Organizó y mantuvo la primera clínica de control natal en todo el Nuevo Mundo (bajo el auspicio del Estado); fundó una universidad en la que prevalecía la filosofía humanista; construyó pueblos prototipo con caminos para hacer que los campesinos pudieran trasladar fácilmente sus productos al mercado. Además, su programa fue de gran importancia porque era de carácter internacional. Pretendía, por medio de un atajo educativo, elevar a los millones de la tierra a un punto en el que pudieran competir con una civilización compleja. Para empezar descartó la educación victoriana y planeó enseñarle a esos millones a los que llamaba inarticulados –gente sin periódicos ni radios- lo esencial de la vida moderna: higiene, ciencia básica, etc., para darles la oportunidad de vivir una vida plena y productiva”.

En 1923 combatió la rebelión de De la Huerta, pero se vio obligado a huir hacia el extranjero ante la superioridad de las fuerzas delahuertistas y del apoyo que les brindaban los hacendados de la llamada "casta divina yucateca"; después de haberse salvado del naufragio del barco en que escapaba y tras haberse entregado a sus enemigos que lo perseguían, los dirigentes del Partido Cooperativista, que apoyaban la rebelión, lo apresaron en Holbox, Quintana Roo, el 21 de diciembre de 1923. Fue trasladado a la penitenciaría Juárez de Mérida. El propio Adolfo de la Huerta envió un emisario para que se respetara la vida de los prisioneros; pero no tuvo éxito por la fuerte oposición del coronel rebelde Juan Ricárdez Broca, autonombrado gobernador de Yucatán.

Siendo un civil, Carrillo Puerto fue sometido a un jurado militar y condenado a muerte. La última noche de su vida tuvo que soportar la burla de que le llevaran músicos a cantar Peregrina fuera de su celda.

Alma Reed, que era divorciada y planeaba casarse con Carrillo Puerto el 14 de enero siguiente, se encontraba en Estados Unidos preparando su ajuar. Pero la madrugada del 3 de enero de 1924, once días antes de su boda, Carrillo Puertos fue fusilado junto con tres de sus hermanos y nueve de sus colaboradores más cercanos por órdenes de Ricárdez Broca, en el cementerio general de Mérida, Yucatán. Sus últimas palabras fueron: ¡No abandonen a mis indios!

Doña Adela Puerto, su madre, no quiso ver los cuerpos masacrados de sus cuatro hijos; sólo diseñó la lápida de la tumba de Felipe, una losa de mármol blanco con un emblema triangular de mármol rojo del Partido Socialista del Sureste, con el lema “Tierra y Libertad”.

Con motivo del asesinato, el 5 de enero siguiente, el presidente Obregón denunció en todos los diarios de la capital de la República el carácter reaccionario de la revuelta delahuertista: “El asesinato de Felipe Carrillo Puerto lleva pesar a las casas del proletariado y a muchos miles de seres humildes que, al recibir la noticia, sentirán lágrimas de dolor sincero deslizarse sobre sus mejillas. Don Adolfo de la Huerta comprenderá la monstruosidad de su crimen cuando reciba las protestas furiosas que lanzarán los trabajadores de todo el mundo por el asesinato de Felipe Carrillo Puerto. La sangre generosa de Felipe Carrillo Puerto es el testimonio de la apostasía de De la Huerta. De ahora en adelante, ni él ni sus seguidores lograrán falsificar la verdad negando el origen y propósito de su movimiento”.

Los trabajadores de México celebraron una convención y pidieron represalias contra los responsables. El propio De la Huerta se deslindó de lo ocurrido, culpó al general rebelde Hermenegildo Rodríguez, quien lo había consignado a la corte militar y ascendió a general a Ricárdez Broca. Pocos meses después, el coronel José Prevé Curbina, por órdenes de Luís N. Morones, ejecutará a Ricárdez en Puerto Cabello, Honduras, en venganza por la muerte de Carrillo Puerto.

El periodista inglés Howard W. Phillips, testigo de la rebelión delahuertista escribió: “El gobierno de los Estados Unidos ayudó al gobierno de Obregón  con armas y cartuchos y estableció un embargo de las mismas mercancías para los rebeldes. Sin embargo, como De la Huerta recibía armas por parte de Belice y Honduras Británicas, era imperativo que mantuviera abierta la ruta de Belice, Yucatán y Veracruz. Esta, me parece, fue la razón por la que el gobernador de Yucatán, que permaneció leal a Obregón, fue asesinado”.

Tres años después de su fusilamiento, Carrillo Puerto fue declarado Benemérito de Yucatán.

En 1932 el nombre del municipio yucateco Santa Cruz de Bravo, de ingrato recuerdo para los mayas, fue cambiado por el de Felipe Carrillo Puerto.

Habiendo sido nombrado coronel por Zapata, en Cuernavaca, su busto de bronce honra su memoria en una modesta plaza de la colonia La Carolina.

Alma Reed regresó a México en varias ocasiones y nunca volvió a casarse. Vivió en Nueva York y Alabama, continuó su carrera de periodista y conferencista, y promovió al pintor José Clemente Orozco mediante la Sociedad Délfica que fundó. Hostigada por el “macartismo”, residió en la ciudad de México a partir de 1952 y trabajó en el periódico The News de la empresa Novedades. En 1961 fue condecorada con el Águila Azteca por la difusión que realizó toda su vida de la cultura maya. Murió el 20 de noviembre de 1966. Sus cenizas se encuentran a unos metros de la tumba de Carrillo Puerto, a quien nunca olvidó.

Con la muerte de Felipe Carrillo Puerto comenzará su leyenda, le llamarán el “Apóstol de la Raza de Bronce”, “El Cristo Rojo de los Indios Mayas”, “El Dragón Rojo de los Ojos de Jade”, “El Apóstol del socialismo en Yucatán”, “el Abraham Lincoln del Mayab”. La derecha yucateca tratará inútilmente de borrar su nombre de la historia yucateca y aun hoy, en el aniversario de su natalicio se ponen a discusión sus obras. Pero su recuerdo, así como la canción Peregrina, sigue adelante...